一、农产品的农药、化肥及重金属残留和污染严重
由于农户缺乏先进的种植技术和安全生产意识，且难以对农户的农产品生产全过程进行监督和管理，违规使用国家明文禁用的高毒、高残留农药、化肥的现象严重，使得农药、化肥残留对生态环境、人类健康和经济的可持续发展造成了不良影响。如果品的乐果残留超标、生猪中瘦肉精残留超标、猪肉产品中喹恶啉类、硝基咪唑残留超标、禽肉产品中硝基呋喃类、喹诺酮、磺胺类残留超标、蔬菜的有机磷类和菊酯类农药残留超标。我国农药、化肥用量位居世界之首，二者的单位面积用量分别为世界平均水平的3倍和2倍。由于大量施氨，导致瓜菜、水果中硝酸盐、亚硝酸盐含量过高。大气中重金属的沉降，农药、化肥和塑料薄膜的使用，污泥施肥，含重金属废弃物的堆积，废水污染，农村生活垃圾等都是造成农产品重金属污染的原因。
二、农产品的抗生素及激素残留过量
现代农业的发展，刺激了各种生物及化学药品的诞生，而这些药品中有些是带有激素类性质的，如乙烯利之类的催熟剂会促进机体细胞的衰老，这给蔬菜生产中应用化控技术造成了污染。预防和治疗畜禽、鱼类等疾病的抗生素、磺胺类等化學药物的大量使用、使得药物中的激素通过肉禽蛋奶、蔬菜水果等食物链残留到人体中，从而危害人类健康。
三、农产品加工中存在的不安全问题
农产品在生产加工过程中超量、违规使用色素、激素、防腐剂等有害成分，影响农产品品质和人身健康。如往乳及乳制品、婴幼儿配方奶粉中添加三聚氰胺事件；往饲料中添加苏丹红、三聚氰胺事件；往米粉、面粉等食品中添加工业用漂白剂甲醛次硫酸氢钠的“吊白块”事件；往食用植物油中添加“地沟油”（工业用油）等等，都严重地威胁着人类的健康。有些食用农产品在加工过程中因设备、工艺操作和管理不科学等，感染有毒细菌而产生新的污染。
四、转基因农产品的安全问题
当科学家们在试验田里忙着扩大转基因作物的成果时，一些转基因的反对派们却不时地找出转基因的种种弊病，这就是“马铃薯事件”和“BT基因玉米事件”。这引起了人们对转基因农产品的安全性问题极大关注。但是，截至目前为止，科学界尚未对转基因农产品安全定论。“科学技术是一把双刃剑，它可以造福于人类，也可以给人类带来灾难”。转基因技术的使用有可能导致一些遗传或营养成分的非预期变化，从而对人类健康产生危害。